조직구성 관장, 사무국장, 부사무국장을 두며, 학생직원으로 구성된 학생부장과 6개의 복지사업팀으로 구성 운영위원회를 통해 학교 내외의 복지전문가 및 교수가 함께하는 구조를 갖춤. 아미쿠스복지관 조직도 가톨릭꽃동네대학교 관장 운영위원회 지도교수 사무국장 사무차장 학생부장 가족 지팀 아 동 / 청소년복지팀 장애인복지팀 노인보건복지팀 지역사회복지팀 정신건강복지1팀 정신건강복지2팀